94年审批的乡镇企业用地为274平方，年限20年。12年变更为宅基地100平方，超出部分是否是违法

意思是宅基地只批了100平，实际占用了274平？那肯定是违法的。《重庆市农村村民住宅规划建设管理暂行办法》第十八条规定， 对擅自改变乡村建设规划许可证及附件、附图的内容进行建设的，镇（乡）人民政府应当依法责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可拆除。

对未取得乡村建设规划许可证擅自进行建设的，镇（乡）人民政府或有关主管部门应当责令停止建设，按照有关法律法规进行处罚，并限期拆除。